1. Ilman hoitoa MS-tautia sairastavalla esiintyy useita pääasiallisia vaiheita: radiologisesti eriytynyt oireyhtymä (radiologically isolated syndrome, RIS), jossa vauriot näkyvät aivokuvauksessa, mutta oireita ei esiinny, tai kliinisesti eriytynyt oireyhtymä (clinically isolated syndrome, CIS), jossa oireet ilmenevät yhdessä ensikohtauksessa; aaltomaisesti etenevä MS-tauti; ja toissijaisesti etenevä MS-tauti
2. Potilailla, joiden MS-tautia hoidetaan kolme vuotta puhkeamisen jälkeen on todennäköisemmin kävelyvaikeuksia aiemmin verrattuna niihin, joiden hoito on aloitettu vuoden sisällä
3. Aivovaurioita voi esiintyä jo MS-taudin varhaisissa vaiheissa, jotka eivät välttämättä aiheuta havaittavia oireita 
4. Ajan mittaan nämä vauriot voivat lisääntyä ja aiheuttaa oireita sekä johtaa toimintakyvyn heikkenemiseen 

Jokainen on tietenkin erilainen, ja MS-tauti voi edetä näiden pääasiallisten vaiheiden ja tyyppien kautta:

Radiologisesti eriytynyt oireyhtymä (RIS): Tässä vaiheessa aivoissa tapahtuu muutoksia, jotka voivat näyttää MS-taudille ominaisilta, mutta ongelmaa ilmaisevia merkittäviä oireita ei esiinny

Kliinisesti eriytynyt oireyhtymä (CIS): On esiintynyt yksi erillinen oirekohtaus, joka voi ilmaantua MS-taudin takia, mutta MS-tautia ei voida vielä diagnosoida

Aaltomaisesti etenevä MS-tauti (RRMS): On esiintynyt toinen oirekohtaus (jota kutsutaan pahenemisvaiheeksi), joka auttaa lääkäriä tai MS-hoitajaa vahvistamaan MS-tautidiagnoosin. RRMS:lle ovat ominaisia pahenemisvaiheet (jaksot, jolloin oireet pahenevat), joita seuraavat toipumisvaiheet (pidemmät jaksot, jolloin toivutaan täysin tai hyvin). Saatat myös kuulla lääkärin tai MS-hoitajan puhuvan McDonaldin kriteereistä. Näiden avulla diagnoosi voidaan tehdä vain yhden pahenemisvaiheen jälkeen, jos magneettikuvauksesta on saatu riittävästi tietoa 

Sekundaarisesti etenevä MS-tauti (SPMS): Ilman oikeaa hoitoa 50–60 %:lle RRMS-potilaista kehittyy SPMS 15–20 vuotta MS-tautidiagnoosin jälkeen. SPMS:lle on ominaista etenevä toimintojen ja toimintakyvyn heikkeneminen – pahenemis ja toipumisvaiheineen tai ilman niitä

Sairauden varhaisessa vaiheessa aivot voivat yrittää etsiä tapoja korvata osittain vaurioituneita hermosoluja käyttämällä muita polkuja signaalien lähettämiseksi aivojen vaurioituneista osista vaurioitumattomiin osiin. Aivojen ja muun kehon väliset viestit voidaan näin palauttaa. Aivot yrittävät myös tulla toimeen hermosolujen menetyksen kanssa korjaamalla myeliiniä. Tämä prosessi tunnetaan remyelinisaationa. Koska korjausmekanismi saattaa naamioida oireita, joidenkin potilaiden sairaus saattaa kuitenkin jäädä diagnosoimatta ja näin hoitamatta varhaisvaiheessa.